La mayoría de las plantas acuáticas proporcionan ventajas al proprietario de una piscina biológica si no se vuelven excesivos. La cantidad adecuadas de las plantas a tener y una composición adecuada del lagunage desempeñan un papel principal para el proprietario de estanque. Los proprietarios de una piscina biológica deberían conocer el valor de las plantas acuáticas y desarrollar una estrategia para favorecer una abundancia de plantas acuáticas que es saludable para la piscina natural.

Las algas de plancton son críticas a la vida de los pescados de un estanque y deben ser presentes para que los pescados recientemente introducidos puedan sobrevivir. Las plantas sumergidas y emergentes deberán colocarse con moderación. Las algas filamentosas proporcionan pocas ventajas para las piscinas biológicas. Estas especies problemáticas son el resultado de la presencia de alimentos excesivos. Una reducción nutritiva reducirá a menudo el problema.